高雄醫學大學（以下統稱本校）為實現「尊重生命、追求真理」的核心價值，培育學子具備醫學知識與專業技能，並側重人文素養、生命倫理、社會關懷的實踐能力，培養專業與人文素養兼俱的現代公民，因此以「著重形塑學生『生命倫理』、『人文素養』、『社會關懷』及『基本文字與資訊能力』」為通識教育理念，積極提升通識教育成效，並強化通識課程學習品質。

基於上述理念，早在本校改制醫學大學前，即成立「共同學科」（後改為「共同科」），由教務長兼任主任，並由教務處統籌課程。本校於民國88 年8 月改制醫學大學時，將原「共同科」更名為「通識教育中心」（以下統稱本中心），為本校一級單位，專責本校通識教育的規劃與運作。

民國 88 年8 月改制醫學大學時，同時將原「共同科」更名為「通識教育中心」。

93 年8 月，中心下設置「人文與社會科學組」、「自然與應用科學組」、「體育教學組」及「社會服務教育組」等四組，負責基礎課程與博雅課程。基礎課程為共同必修，包括語文（國文及英文）、資訊、生命倫理與社會服務等課程；博雅課程為分類選修，分為人文學（文學、史學、哲學、藝術）、社會科學（政治學、法律學、經濟學、社會學、傳播學）以及自然科學（生命科學、環境與生態、資訊科學、應用科學）等。

96 年（96 學年度），進行第一階段基礎與博雅課程之整合與改革。並增設「語言教學組」負責規劃本校大一英文及相關語言類課程。「課程整合」的改革工作，除了參考國內外一流大學之經驗，建構博雅選修課程的「核心課程領域」之外，並積極將「社會服務」課程改革為全校必修之課程。

97 年（97 學年度），進行第二階段課程改革，開發並實施跨領域的整合型課程。為使各組更得以順利推行課程事務規劃及相關發展，「體育教學組」更名為「體育組」，「社會服務教育組」更名為「服務學習組」。

101 年8 月，本校成立「人文社會科學院」，原通識教育中心內之體育組與語言教學組擴充改為「體育教學中心」及「語言與文化中心」，並改納入人文社會科學院下為相當於系級的教學單位。因此，自該學年度起，通識教育中心雖為負責全校通識教育之規劃、推動與執行之一級單位，但並未配屬教師，課程之開設主要由人文社會科學院人文與藝術教育中心、語言與文化中心、基礎科學教育中心及體育教學中心所屬的教師承擔，並由其他學院院長推薦各院優秀教師支援部分課程（為使教師與課程能無縫接軌、充分配合，制度性規定「通識教育中心主任由人文社會科學院院長兼任」）。

 104學年度下學期通識教育中心回復獨立運作的方式，下設四中心，編制專屬教師，仍屬於本校的一級單位。原通識教育指導委員會由校長擔任主席，副校長、教務長、各學院院長、通識教育中心中心主任、校外學者專家等組成，行政角色則由原來的主導改為諮詢性質。